Em 2015, durante a 10ª fase da Operação Lava Jato, Duque recebeu sua primeira condenação por associação criminosa, resultando em uma pena de 20 anos e 8 meses de prisão. Naquela época, ele cumpria pena no Complexo Médico-Penal, localizado em Pinhais, na Região Metropolitana de Curitiba.

Menos de um ano depois, Duque foi novamente condenado, desta vez por corrupção passiva e lavagem de dinheiro, resultando em uma pena de 20 anos, 3 meses e 10 dias de prisão, inicialmente em regime fechado. A decisão foi proferida durante a 14ª fase da Lava Jato.

O então responsável pelo caso, Sergio Moro, afirmou que houve pagamento de propina a funcionários da petrolífera, com os recursos destinados ao financiamento político.